Según escrito de la CHS, este organismo ha iniciado un procedimiento sancionador por los vertidos al cauce provenientes de la desaladora Virgen del Milagro (Mazarrón). Los vertidos que se produjeron en septiembre de 2009 y que presumiblemente se trataba de salmueras afectaron especialmente a la vegetación de la rambla causando la muerte de masas de carrizo y tarais, hechos que fueron comunicados a la Confederación Hidrográfica del Segura.
La rambla de las Moreras atesora diversos valores faunísticos tales como la presencia de anátidas globalmente amenazadas como la malvasía cabeciblanca (Oxyura leucocephala) y cerceta pardilla (Marmaronetta angustirrostris), así como poblaciones de fartet (Aphanius iberus) y anguila (Anguilla anguilla). Asimismo, el humedal incluye un boyante población de galápago leproso (Mauremys leprosa) que está siendo estudiado por ANSE en el marco de un convenio con la CHS.