La vegetación de las islas está condicionada por las condiciones especiales que se dan en ellas.
El clima de las islas del sureste ibérico es cálido, generalmente con ausencia de heladas, y las precipitaciones son escasas, aunque se ven compensadas por la elevada humedad ambiental. Además, la vegetación sufre el continuo azote del viento, lo que hace que tenga forma achaparrada.
Los suelos suelen ser esqueléticos, debido al escaso desarrollo o a la elevada erosión, y la presencia de sales es elevada, debido a la maresía y los excrementos de las aves.
A lo largo del proyecto se han visitado 11 islas y se han citado más de 80 especies. La isla con más especies diferentes citadas ha sido la Perdiguera, seguida de cerca por el Barón. Algunas de las especies encontradas son las siguientes:
El oroval (Whitania frutescens) ha sido una de las especies más frecuentes. El salado (Atriplex glauca) ha sido localizado en, aproximadamente, la mitad de las islas
El cornical (Periploca angustifolia) es una planta que únicamente aparece en zonas costeras, debido a que no soporta las heladas. Ha sido localizado en 3 islas y está clasificada como vulnerable. La salsola o salao (Salsola papillosa) está clasificada como vulnerable y ha sido localizada en 4 islas. Otra especie del mismo género (Salsola oppositifolia) ha sido localizada en todas las islas.
La zamarrilla (Teucrium carthaginense) se encuentra catalogado como vulnerable. Ha aparecido en las isla XXXEl bayón (Osyris lanceolata) es una especie de interés, ya que aparece en zonas de matorral evolucionado. Ha sido encontraod en las isla de Mazarrón, la isla del Fraile, la isla Perdiguera y la isla del Barón.
La manzanilla de Escombreras (Anthemis chrysantha) está catalogada en pelibro de extinción y se ha observado en la Isla de Escombreras. Se trata de un iberoafricanismo de la únicamente se conocen unas pocas localizaciones en el litoral de la comarca de Cartagena, y en el norte de Argelia.
